Coby vyhledávaný hráč na historické nástroje (loutna, theorba, kytara) Jan Čižmář vystupuje po celém světě s renomovanými hudebními tělesy jako např. Concertgebouw Orchestra, Orchestra of the Age of Enlightenment, Orchestra of the 18th century, Collegium 1704. Často vystupuje také jako sólista s barokním nebo renesančním repertoárem, či v různých komorních seskupeních. Jan Čižmář vyučuje na hudební akademii v Katowicích v Polsku, intezivně se také věnuje ediční a badatelské činnosti v oblasti staré hudby.