Učitel
Jan Čižmář je také obětavý učitel. Od roku 2009 vyučoval na Hudební akademii v Katowicích, od roku 2014 vyučuje na nově otevřené katedře varhanní a historické interpretace (KVHI) HF JAMU v Brně. Vyučuje také na Akademii staré hudby (ASH) při FF MU v Brně a na Konzervatoři v Českých Budějovicích. Kromě toho je pravidelně zván k masterclass, prezentacím a přednáškám a je pravidelným lektorem na několika letních školách i porotcem soutěží.
Jan Čižmář nabízí také soukromé hodiny loutny a historické interpretace. Předchozí zkušenosti s hrou na historický nástroj nejsou podmínkou.
Realizuje semináře dalšího vzdělávání pedagogických pracovníků (DVPP) akreditované MŠMT. Formou workshopů představuje starou hudbu a loutnové nástroje dětem a žákům ZUŠ.